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La putrefazione è la decomposizione delle proteine, dovuta solitamente all'azione dei microrganismi anaerobici. Spesso si utilizza il termine putrefazione come sinonimo di decomposizione. Questa accezione, tuttavia, non è rigorosamente corretta: la decomposizione, infatti, è un processo molto più generico.
I prodotti chimici risultanti della putrefazione sono spesso ammine come la putresceina o la cadaverina, che conferiscono un odore sgradevole ai tessuti che le contengono (come ad esempio gli alimenti).
