Malesia (dari gabungan Malaya dan Indonesia) adalah sebutan biogeografi untuk wilayah yang membentang dari Semenanjung Malaya hingga Pulau Papua. Kajian wilayah ini biasanya mencakup wilayah enam negara: Malaysia, Singapura, Indonesia, Brunei, Filipina, dan Papua Niugini. Seringkali, wilayah Australia Tropis (Queensland utara) juga dimasukkan dalam wilayah ini. Istilah ini dipakai untuk menggambarkan implikasi geografi dan geologi terhadap keanekaragaman biologi di wilayah ini. Dari sudut pandang pusat keanekaragaman biologi menurut Vavilov, kawasan Malesia mencakup pusat keragaman Indo-Malaya (IIb).
Kalangan botani lebih banyak menggunakan istilah ini daripada zoologi. Terdapat jurnal penting yang dinamakan menurutnya: Flora Malesiana.
Dalam konsep antropogeografi, cakupan wilayah ini kira-kira setangkup dengan Nusantara.
