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Als Zuchtlinie werden Teilpopulationen innerhalb einer Rasse bezeichnet, die genetisch einheitlicher sind als die Rasse, der sie angehören und die nur mit Angehörigen ihrer eigenen Zuchtlinie verpaart werden. Häufig sind Zuchtlinien durch gezielte oder geduldete Inzucht entstanden, in der Erwartung, dass bestimmte erwünschte Merkmale mit besonders großer Wahrscheinlichkeit auch in der nächsten Generation wieder in Erscheinung treten. Dies gilt insbesondere für die diversen Zuchtlinien der Hausmaus und der Wanderratte, die in Forschungseinrichtungen als Testtiere verwendet werden, aber auch bei der Hybridzüchtung von Pflanzen, bei der verschiedene Inzuchtlinien miteinander gekreuzt werden.
Während die Zugehörigkeit einer Tieres zu einer Art und heute häufig auch bereits zu einer Rasse durch genetische Analysen eindeutig nachweisbar ist, kann die Zugehörigkeit zu einer Zuchtlinie auch heute noch meist nur durch Abstammungsnachweise erbracht werden.
Auch in der Hunde- und Katzenzucht wird häufig von Zuchtlinien gesprochen, wobei hier in der Regel die Herkunft der Tiere von bestimmten Züchtern gemeint ist. Eine gewisse Relevanz bekam die Unterscheidung von "Rasse" und "Zuchtlinie" im Zusammenhang mit der Diskussion um so genannte Kampfhunde. Hier dreht sich die Auseinandersetzung zwischen Tierzüchtern, Haltern und Polizeibehörden oft um die Frage, ob die gesamte Rasse als gefährlich einzustufen ist oder ob dies nur für bestimmte Zuchtlinien gilt.
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