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Der Ancylussee war ein Binnensee in Nordosteuropa, der vor etwa 9.500 bis 8.000 Jahren etwa an der Stelle der heutigen Ostsee existierte. Benannt ist er nach dem Leitfossil Ancylus fluviatilis, einer Süßwasserschnecke.
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Vor etwa 14.000 Jahren begann die 2 bis 3 Kilometer dicke skandinavische Eisschicht der Weichseleiszeit langsam abzuschmelzen. Zu dieser Zeit entwickelte sich hinter der Eisbarriere aus den Schmelzwässern ein See, der Baltische Eisstausee.
Vor etwa 10.000 Jahren gab die abtauende Eisbarriere zwischen Weltmeer und Eisstausee die Mittelschwedische Senke frei, was den Baltischen Eisstausee zum Auslaufen brachte.
Durch den eustatischen Meeresspiegelanstieg, verursacht durch das Abschmelzen der Gletscher, entstand für etwa 300 Jahre eine Verbindung zur Nordsee und es drang Salzwasser in das Ostseegebiet ein. Durch diesen Wasseraustausch kam die Muschel Yoldia arctica (jetzt Portlandia arctica) in jenes nun brackig bis salzige Gewässer, was ihm den Namen Yoldiameer einbrachte.
Die Entlastung des skandinavischen Festlandes vom Gewicht des Eises führte zu einer isostatischen Landhebung von bis zu 9 mm/Jahr, die heute noch andauert. Durch diese Landhebung schloss sich die mittelschwedische Verbindung zum Meer erneut vor etwa 9.500 Jahren. Es entwickelte sich im Bereich der heutigen Ostsee ein zweites Mal ein Binnensee, der Ancylussee.
Zum Ende der letzten Eiszeit ließen die steigenden Temperaturen das Eis weiter schmelzen, der Wasserspiegel des Ozeans stieg beträchtlich. Nur eine schmale Landzunge trennte schließlich die beträchtlich höher liegende Nordsee von dem hauptsächlich aus Schmelzwasser bestehenden Ancylussee.
Im Zusammenwirken mit Bewegungen der Erdoberfläche überflutete das Meer Norddänemark und unterbrach vor etwa 8.500 bis 8.000 Jahren die Landbrücke Dänemark-Skandinavien. Große Mengen von Wasser strömten nach Osten, binnen weniger hundert Jahre stieg der Wasserpegel um 15 Meter und verschlang große Mengen Land. Es bildete sich das Littorinameer, benannt nach der Strandschnecke Littorina littorea.
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