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Eine Pfahlwurzel ist eine Wurzel, bei der die Hauptwurzel besonders stark ausgeprägt ist, kaum Seitentriebe bildet und tief in den Boden hineinwächst. Pflanzen machen sich auf diese Weise das Nahrungsangebot tieferliegender Bodenschichten zugänglich oder verbessern ihre Wasserversorgung.
Dieser Wurzeltyp findet sich unter anderem bei Kiefer, Wacholder, Lärche, Tanne, Eiche, Zeder und Esche. Auch Affenbrotbäume wie etwa der Baobab entwickeln ein Pfahlwurzelsystem. Auch bei mehrjährigen und einjährigen krautigen Pflanzen finden sich solche mit Pfahlwurzeln. Dazu zählt beispielsweise die Gemeine Nachtkerze, deren Wurzel einstmals als Nahrungsmittel diente oder der Löwenzahn, dessen Pfahlwurzel auf nebenstehender Abbildung zu sehen ist.
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