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Die Ganoidschuppe (griech. ganos – Glanz, Schmuck, Schmelz) oder Schmelzschuppe ist eine urtümliche Schuppenart, die bei Knorpelganoiden, Knochenhechtartigen und Kahlhechtartigen vorkommt.
Ganoidschuppen sind von rhombischer Form und bestehen aus einer knöchernen Unterlage, die mit einer perlmuttartig glänzenden Schicht aus Ganoin überzogen ist – einer zahnschmelzähnlichen Substanz, die in der Lederhaut gebildet wird. Danach folgt bei einigen Arten eine Schicht aus Dentin (z. B. beim Grauen Flösselhecht Polypterus senegalus). Die unterste Schicht bildet ein flächiger Lamellenknochen (eine Schicht aus Isopedin und einer Knochenunterlage). Stammesgeschichtlich lassen sich die Ganoidschuppen von Schuppenformen fossiler Arten herleiten, die einen größeren Dentingehalt sowie weniger Ganoin enthalten. Die Ganoidschuppe entwickelte sich aus dem gemeinsamen Vorläufer wie die Kosmoidschuppe, die aber unter den rezenten Arten nur noch beim Quastenflosser zu finden sind.
