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Die Disjunktion ist in der Ökologie ein Teilareal (Exklave), das vom übrigen Verbreitungsgebiet einer Pflanzen- oder Tierart räumlich getrennt wurde und mit den üblichen Verbreitungsmitteln dieser Art nicht überbrückt werden kann, aber noch ein Habitat darstellt.
Disjunktion ist beispielsweise Folge von Bestands- und Arealverlusten. Für die (Sub-)Population in einer solchen Disjunktion kann diese Trennung der Beginn einer neuen Artbildung (Speziation) sein. Verliert die Disjunktion die Habitatfunktion (wird also unbewohnbar), kann die Population nicht migrieren, und stirbt zwangsläufig aus. Die Artbildung erfolgt also entweder durch spezialisierende Anpassung an das lokale Habitat bei gleichbleibenden Verhältnissen, oder notwendige Anpassung an Veränderung der Disjunktion.
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