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Das Alternative Spleißen stellt einen besonderen Vorgang im Rahmen der Transkription bei Eukaryoten dar. Auch Viren, die Eukaryoten befallen, nutzen diesen Mechanismus. Aus ein und derselben DNA-Sequenz und dementsprechend ein und derselben prä-mRNA können mehrere verschiedene reife mRNA-Moleküle und durch deren Translation auch mehrere unterschiedliche Polypeptide gebildet werden.
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Beim alternativen Splicing entscheidet sich erst während des Spleißvorganges, welche DNA-Sequenzen Introns und welche Exons sind. Die Regulation erfolgt über Splicefaktoren (Proteine, die Signale auf der RNA erkennen und die Auswahl der splice sites beeinflussen). Dabei können unterschiedliche Formen des alternativen Splicings unterschieden werden:
Die Entdeckung des alternativen Splicings bedeutet, dass die ein-Gen-ein-Enzym-Hypothese für Eukaryonten nicht streng gilt. Eine DNA-Sequenz, also ein Gen, kann unterschiedliche Proteine codieren. Auf diese Weise ist z. B. eine menschliche Zelle in der Lage, mit ihren rund 33.000 Genen viele hunderttausend verschiedene Proteine herzustellen - aus relativ wenigen Genen entsteht so ein außerordentlich komplexes Proteom von 500.000 bis 1.000.000 Proteinspezies. Die Informationsdichte der DNA wird also durch Superposition erheblich erhöht.
Ein Extrembeispiel hierzu: DSCAM, ein Gen in Drosophila melanogaster, welches das Richtungswachstum von Nervenzellen steuert, hat mehrere Kassettenexons, die miteinander kombiniert werden können, wodurch sich rechnerisch eine Zahl von insgesamt 38.016 verschiedenen Proteinen aus nur diesem einen Gen ergibt. Im Gegensatz dazu erscheint die Zahl an Genen in diesem Organismus mit ca. 18.000 vergleichsweise klein. Dies unterstreicht eindrucksvoll, dass die Vielzahl an Proteinen in einem Organismus nicht primär durch die Zahl seiner Gene bestimmt ist, sondern vielmehr durch das alternative Splicing der prä-mRNAs.
Die Zahl der menschlichen Gene ist nach Sequenzierung des Genoms mit jetzt ca. 25.000 weit hinter den ursprünglichen Erwartungen zurückgeblieben. Da jedoch fast jedes zweite Gen alternativ gespleißt werden kann, lässt sich trotz der gering erscheinenden Zahl an Genen eine viel höhere Vielfalt an Proteinen erklären. Daher stellt gerade das Verständnis des alternativen Splicings eine große Herausforderung bei der Erforschung der menschlichen Proteinvielfalt und somit auch dem Verständnis von vielen Erkrankungen (wie z. B. Krebs) und Erbkrankheiten dar.
Das alternative Splicing stellt eine evolutionär besonders bedeutende Entwicklung bei den Eukaryoten dar:
