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Ein Allel (v. gr. αλλήλων, allélon "einander", "gegenseitig") bezeichnet eine mögliche Ausprägung eines Gens, das sich an einem bestimmten Ort (Locus) auf einem Chromosom befindet.
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William Bateson beschrieb 1902 in Mendel's Principles of Heredity, dass es zwei Varianten der Erbfaktoren in jeder Zelle gibt. Er nannte das zweite Element Allelomorph nach dem griechischen Wort für "Andere" und prägte damit den Begriff Allel.
Allele Gene besitzen geringfügige Variationen in der Basensequenz der DNS, wodurch das Gen geändert wird. So kann zum Beispiel das Gen, das für die Farbe einer Blüte verantwortlich ist, in zwei verschiedenen Ausprägungsformen (Allelen) vorkommen und bei der Pflanze entweder eine rote oder eine weiße Blütenfarbe hervorrufen. Entsprechend spricht man vom Allel für die rote oder vom Allel für die weiße Blütenfarbe. Es können aber auch mehr als zwei unterschiedliche Zustandsformen eines Gens vorkommen, das heißt, mehr als zwei Allele treten an einem Genort auf. Man spricht dann von multipler Allelie. Auch Ausprägungen von Genen, die Mutationen enthalten, die eventuell den Funktionsverlust des Gens bewirken, werden als Allel bezeichnet. Diese Allele erhalten meist einen leicht abgewandelten Namen, um sie von dem Wildtyp-Allel unterscheiden zu können.
Die Allele für die Blutgruppeneigenschaften der „Blutgruppe A“, „Blutgruppe B“ und „Blutgruppe 0“ sind ebenfalls verschiedene Zustandsformen des Blutgruppen-Gens. Allerdings sind hierbei die für die Steuerung der Antigen-Bildung verantwortlichen Gene über eine Reihe von Chromosomen verstreut.
Da Menschen einen doppelten Chromosomensatz haben, kann jeder Mensch in seinen diploiden Zellen auf den beiden homologen Chromosomen am betreffenden Genort entweder zwei unterschiedliche Allele eines Gens oder aber zwei gleiche Allele des betreffenden Gens besitzen. Im ersten Fall spricht man von Heterozygotie, im zweiten Fall von Homozygotie. Dies gilt auch für alle anderen diploiden Lebewesen.
Bei der japanischen Wunderblume verhalten sich die beiden Allele für die Ausprägung der Blütenfarbe intermediär. Es kommt deswegen zu drei unterschiedlich gefärbten Blüten: Besitzt die Pflanze zwei identische Allele für die rote Blütenfarbe (homozygoter Zustand), dann entsteht eine rote Blüte. Besitzt die Pflanze zwei identische Allele für die weiße Blütenfarbe (ebenfalls homozygoter Zustand), entsteht eine weiße Blüte. Sind jedoch zwei verschiedene Allele vorhanden, nämlich eines für die rote und eines für die weiße Blütenfarbe (heterozygoter Zustand), dann kommt es zur Ausbildung einer rosa Blüte (intermediärer Erbgang).
Oft ist es allerdings so, dass im heterozygoten Zustand ein Allel über das andere dominiert. Hierbei wird die Ausprägung des Merkmals des rezessiven Allels unterdrückt und das Merkmal des dominanten wird ausgeprägt (dominant-rezessiver Erbgang).
Von Kodominanz spricht man, wenn zwei verschiedene Allele gleichwertig nebeneinander ausgeprägt werden (Blutgruppe AB).
